三趾心顱跳鼠體型小，體長(zhǎng)一般不超過(guò)60毫米。尾細(xì)長(zhǎng)，約為體長(zhǎng)的兩倍，尾毛稀疏，尾鱗可見(jiàn)，尾末有稀疏束狀長(zhǎng)毛，尾基于夏秋季變粗。后肢比前肢長(zhǎng)，后肢為三趾，趾下有長(zhǎng)毛形成刷狀毛墊。頭部顏色淡沙黃色，背部毛色土棕灰色或灰紅棕色，體側(cè)較淺，腹部及前后肢白色。尾部淺灰棕色，尾上部較下部顏色深，尾末端毛色灰褐色，尾端散射的長(zhǎng)毛為白色污黃色。頭骨結(jié)構(gòu)特殊，顴弓不外擴(kuò)，前部寬，顴突腹面突起尖長(zhǎng)，長(zhǎng)度超過(guò)顴弓后部長(zhǎng)度的一半，聽(tīng)泡發(fā)達(dá)。該物種被列為IUCN 2013年瀕危物種紅色名錄中的易危物種(VU)。